上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院，2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。2014年11月，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院（前身宝钢医院，属三级综合性医院）资源整合，南北院区，统一布局，统一管理。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。
上海九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院有南部院区（制造局路639号）、北部院区（漠河路280号）、浦东院区（高科西路1908号）和浦东科教园区（锦尊路115号）。
上海九院总占地面积127.9亩，总建筑面积25万平方米。九院拥有5位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴尅戎教授、口腔颌面头颈肿瘤专家张志愿教授、眼眶病眼肿瘤专家范先群教授，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。
上海九院现拥有国家口腔医学中心1个，国家口腔疾病临床医学研究中心1个，口腔临床医学、整复外科、骨科等3个国家重点学科，口腔基础医学为国家重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周病科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜病科等9个国家临床重点专科。
2020年度中国医院科技量值研究排行榜医院综合排名全国第14位，整形外科排名全国第一，口腔医学排名全国第三，耳鼻咽喉科学排名全国第七，眼科学排名全国第九。
2021年，上海九院位列复旦大学医院管理研究所《中国医院及专科声誉排行榜》第23位，整形外科全国第一，口腔医学排名全国第三，耳鼻喉科排名全国第七，眼科排名第九，骨科获提名。
